唐木市兵衛と暮らした幼き兄妹小弥太と織江の親戚にあたる金木脩が酔漢に襲われ重傷を負った。柳井宗秀の治療で一命をとりとめたものの、酔漢は実は金木の故郷北最上藩の刺客であることが発覚する。急遽、北最上に奔る市兵衛。そこでは改革派を名乗る一派による粛正の嵐が吹き荒れていた──領民を顧みず私欲を貪る邪剣集団が、市兵衛暗殺に牙を剝く！

病弱の妻の薬礼を得んがため人斬りに身をやつした信夫平八。断腸の想いで平八を刀に懸けた唐木市兵衛は、彼の忘れ形見、小弥太と織江とともに新しい生活を始める。日々、絆を深くする市兵衛と子どもたち。そんな中、岡っ引の文六、お糸夫婦が寝込みを急襲された。さらに、幼い兄妹が行方不明に── 子どもたちの奪還に死地へと向かう市兵衛に“修羅の刃”が迫る！